Yayasan pendidikan Islam Al Wathoniyah 2 awal mulanya pada tahun 1963 hanyalah pengajian biasa yang di ikuti oleh kaum bapak & anak-anak yang di pimpin langsung pengajarannya oleh Al Magfurllah Ust. H. Maisin.
Karena semakin meningkat animo dan kepercayaan masyarakat untuk mendidik anak-anaknya agar di beri pelajaran ilmu agama, maka akhirnya pada tahun 1973 Al Magfullah Ust. H. Maisin mendirikan pendidikan formal tingkat Madrasah Ibtidaiyah dan pada tahun 1983 didirikan MTs Al Wathoniyah 2 hingga sekarang.